ZOOM Lite

აღწერა

ZOOM Lite არის შემდეგი თაობის მონაცემთა მიმდევრობის რუკების და ვიზუალიზაციის პროგრამული უზრუნველყოფა. მომხმარებლები შეიტანენ მითითებულ გენომებს და Illumina/Solexa მოკლედ კითხულობს ფაილებს ან AB SOLiD ფერადი სივრცეში კითხულობს ფაილებს სხვადასხვა ფორმატში, როგორიცაა * .fasta, *. Fastq, * _seq.txt, * .csfasta და ა.შ. კითხულობს მითითების თანმიმდევრობას. ZOOM Lite– ს აქვს სწრაფი და ზუსტი კარტოგრაფიის ბირთვი, რომელიც დაფუძნებულია ახლად შემუშავებული მრავალჯერადი განლაგებული თესლის თეორიაზე. შესაძლებელია ერთჯერადი და დაწყვილებული დასასრული სხვადასხვა სიგრძის 15bp– დან 240bp– მდე მართვა. დასაშვებია ნებისმიერი რაოდენობის შეუსაბამობის და სხვადასხვა სიგრძის ერთი ჩასმა/წაშლა წაკითხულსა და მის სამიზნე რეგიონს შორის მითითების თანმიმდევრობით. თითოეული წაკითხვისთვის ცალსახად ასახული შედეგების ან საუკეთესო (ზედა N) შედეგები შევატყობინებთ მინიმალური შეუსაბამობების და ინდელის სიგრძის შესაბამისად. რუკების სიზუსტის გასაზრდელად გამოიყენება ხარისხის ქულები. რუკების ბირთვის საფუძველზე, ZOOM Lite მომხმარებლებს საშუალებას აძლევს ჩატვირთონ ადგილობრივი წაკითხული მონაცემები და მითითება თანმიმდევრობის მონაცემებით, შეარჩიონ სათანადო პარამეტრები, დაამუშაონ მაღალი მოცულობის მონაცემები პარალელურად ოთხ პროცესორამდე, გააკონტროლონ გაშვებული ამოცანები, შეინახონ რუკების შედეგები, ნახონ გრაფიკები რუკების შედეგების და გამოტანის რუკების შედეგების ან * .BED ან * .GFF ფაილის ფორმატებში UCSC ბრაუზერის ტრეკის ინფორმაციის შემდგომი გამოკვლევისთვის. რუკების შედეგების ნახვა შესაძლებელია ნებისმიერ სასურველ მასშტაბში, წაკითხული სიღრმის გრაფიკიდან მთელ ქრომოსომაზე, თანმიმდევრობის დეტალური თანხვედრა კითხვასა და მითითების მიმდევრობას შორის. მომხმარებლები ადვილად მიდიან საინტერესო რეგიონებში, უბრალოდ დაწკაპუნებით, გადაადგილებით ან გადახვევით. ZOOM Lite წარმოადგენს ZOOM Studio პროგრამის წარმოებულს.